Inaugurada em Dezembro de 2001, na sequência de aprofundados estudos arqueológicos e documentais desenvolvidos desde 1991, a primeira fase do circuito museológico trata essencialmente da memória da Alfândega Velha e do nascimento do Infante D. Henrique, no contexto do Porto Medieval.
Em Maio de 2005 inaugurou a segunda fase, onde se explora a informação sobre o desenvolvimento urbano nas imediações da Alfândega, a partir da chamada Rua Nova, hoje Rua Infante D. Henrique. Também evocadas a ampliação da alfândega régia e a intensificação do comércio na época moderna.
Estão disponíveis ao público quatro percursos temáticos: ocupação romana, Alfândega Régia, Casa da Moeda e Infante D. Henrique.

No espaço museológico, designado como “Torre Norte”, organizado por três pisos, encontram-se expostos objectos achados nas escavações arqueológicas e pode aceder-se a informação sobre o edifício e a cidade através de uma reconstituição vídeo, em imagem virtual, e vários postos multimédia, merecendo destaque a maqueta do Porto Medieval à escala 1:500.
De realçar, na parte aberta mais recentemente ao público, os primeiros pavimentos de mosaico romano da cidade, a ara dedicada aos Lares Marinhos, o espaço oficinal da Casa da Moeda e a ocupação de toda aquela área na época moderna e contemporânea.
Esta última zona expositiva alude simbolicamente à Rua Nova, a importante artéria rasgada em finais do século XIV, depois chamada Rua dos Ingleses e hoje Rua Infante D. Henrique.
Foi feita uma evocação ao Infante D. Henrique, na Casa que dele guarda o nome, concretamente através da memória das comemorações henriquinas de 1894, evento que consolidou a tradicional imagem da ligação do Infante à cidade do Porto.
O Arquivo Histórico Municipal do Porto inclui um outro espaço, conhecido por Sala Memória, que é usado para visitas em grupo, durante as quais se evocam espaços e figuras que, ao longo do tempo, contribuíram para o desenvolvimento do cartório do município e para preservar o seu património documental.